كتب عنه العلماء، ومنهم من يستضعفه.
وقال عبَّاس بن محمد الدُّوري: سُئل يحيى بن مَعِين عن محمد بن إسحاق، وموسى بن عُبَيْدَة؟ فقال: محمد بن إسحاق صدوق، ولكنه ليس بحجة.
وقال أبو زرعة الدِّمَشْقِيّ: قلت ليحيى بن مَعِين: وذكرت له الحجة، فقلت: محمد بن إسحاق منهم؟ فقال: كان ثقةً، إنَّما الحُجَّة عبيد الله بن عمر، ومالك بن أنس، والأوزاعي، وسعيد بن عبد العزيز.
وقال: سألت أحمد بن حَنْبَل عن عبيد الله بن أبي ثور فقال: معروف في رواية محمد بن إسحاق، ولو قال رجل: إن محمد بن إسحاق كان حُجَّة لكان مصيبًا، قال: لا، ولكنه ثقة.
وقال يعقوب بن شَيْبَة: سألت يحيى بن مَعِين فقلت: كيف محمد بن إسحاق عندك؟ قال: ليس هو عندي بذاك. ولم يُثَبِّتْهُ وضعفه، ولم يضعفه جدًّا، فقلت له: ففي نفسك من صدقه شيء؟ قال: لا، كان صدوقًا.
أخبرنا أبو طاهر السّلَفِي، أنبأ عليّ بن أحمد الغَسَّاني أنبأ أحمد بن عليّ الخطيب قال: وقد أمسك عن الاحتجاج برواية ابن إسحاق غير واحد من العلماء لأسباب منها أنَّه كان يتشيع، ويُنسب إلى القدر، ويدلس في حديثه، فأما الصدق فليس بمدفوع عنه.
وقال أبو أحمد بن عدي: ولمحمد بن إسحاق حديث كثير، وقد روي عنه أئمة النَّاس: شُعْبَة، والثَّوْريِّ، وابن عُيَيْنَة، وحماد بن سَلَمَة، وغيرهم.
وقد روى المغازي عنه إبراهيم بن سَعْد، وسَلَمة بن الفضل، ومحمد ابن سَلَمَة، ويحيى بن سعيد الأموي، وسعيد بن بَزيع، وجرير بن حازم، وزياد البَكَّائي، وغيرهم.