وعبث به التتر والمغول مرتين، مرة في أواخر القرن السابع الهجري، إذ عطّلوه واتخذوه معسكراً لهم، ونصبوا فه المنجنيقات لرمي القلعة، وارتكبوا فيه أنواع الإثم والفجور.
ومرة على عهد تيمورلنك الذي أساء إلى دمشق إساءة لم يأت مثلها أحد.
ثم كان الحريق الأخير سنة ١٣١١ الذي ذهب بالمسجد كله (أي الحرم)، وجدّده أهل الشام. وفيما يلي من الفصول بعضُ التفصيل لهذا الإجمال.