١ - أن تقرير الحقائق يجب أن يبنى على الملاحظة لا على الرواية غير المؤيدة (أي: النصوص).
٢ - أن العالم غير الحيواني نظام متفاعل في نفسه مستبق لنفسه، وتنطبق كل التغيرات فيه مع قوانين الطبيعة.
٣ - أن الأرض ليست مركز الكون وأن الإنسان ربما لا يكون الهدف من وجودها، إذا كان لوجودها أي هدف، وفوق ذلك أن فكرة الهدف فكرة لا فائدة منها من الناحية العلمية " (١).
وإذا كان القرن السابع عشر هو قرن الانتفاضة العارمة على الكنيسة ومبادئها، فإنه كذلك القرن الذهبي لمحاكم التفتيش، فقد قاسى العلماء أنواع الاضطهاد، واستخدمت ضدهم أساليب القمع الوحشية وظهرت الفهارس أو "القوائم البابوية " التي تحتوي على أسماء الكتب المحرمة، وكان وجود شيء من هذه الكتب في حوزة إنسان ذريعة لسوقه إلى محكمة التفتيش وتعريضه لأليم عقابها.
وقاومت الكنيسة كل محاولة للتجديد، وإن كانت نافعة خيرة، فقد كفرت رئيس بلدية في ألمانيا، لأنه اخترع غاز الاستصباح بحجة أن الله خلق الليل ليلاً والنهار نهاراً، وهو بمخترعه يريد تغيير مشيئة الخالق فيجعل الليل نهاراً" (٢).
واضطرب حبل الكنيسة بظهور الروح الجديدة اضطراباً واضحاً وألقت بكل ثقلها في معركة كانت في غنى عن دخولها أمام الناس -لا سيما المثقفون- فقد اهتبلوا الفرصة، وخيل إليهم أن الأقدار قد ألقت إليهم مفتاحاً سحرياً يخلصهم من سجن الكنيسة وأغلالها، ذلك هو مفتاح "العلم والتجربة ".