اشتهر من بعده حفيده أبو بكر محمد بن عبد الله بن زهر بن عبد الملك، طبيباً خاصاً للخليفة الموحدي المنصور ومن جاء بعده، ولما توفي عام ٥٩٥ هـ دفن بروضة الأمراء إكراماً له (٢٣٧).
ومن أشهر العشابين والنباتيين في الأندلس خلال العصر الموحدي أبو العباس أحمد بن محمد بن مفرج الأموري المعروف بالعشاب وبابن الرومية (٥٦١ - ٦٣٧ هـ) (٢٣٨)، وخلفه من بعده تلميذه ضياء الدين عبد الله بن أحمد المالقي المشهور بابن البيطار (توفي عام ٦٤٦ هـ) (٢٣٩).
ومن أشهر علماء الرياضيات علي بن خلف الأنصاري الشلبي الذي كان حياً عام ٥٦٥ هـ (٢٤٠). واشتهر أبو بكر محمد بن أحمد الرقوطي المرسي بالرياضيات والهندسة والطب، ويتقن عدة لغات، وقد بقي في وطنه مرسية بعد تغلب الإسبان عليها عام ٦٦٤ هـ، ولم يغادرها. وبنى له ملك الإسبان (خايمة الأول) مدرسة علم فيها المسلمين والمسيحيين واليهود العلوم التي برع بها، وحاول ملك الإسبان عبثاً أن يُغريه باعتناق المسيحية، ثم غادر مرسية إلى مملكة غرناطة ودخل في خدمتهم يعلم أبناء المسلمين علومه التي تفوق بها، توفي أواخر القرن السابع الهجري (٢٤١). أما الفكر الفلسفي، فدخل عصره الذهبي في عهد الموحدين، وتمتع الفلاسفة بمكانة مرموقة في بلاط الموحدين، وأعطيت لهم الحرية المطلقة في عملهم شريطة ألا تنشر هذه التعاليم على العامة، لأن الموحدين كانوا يعتبرون الفلسفة نوعاً من الحقائق الباطنية المحصورة في فئة المتنورين (٢٤٢).
واشتهر هذا العصر بأعظم فلاسفة الأندلس، ويأتي في مقدمتهم ابن طفيل (أبو بكر