فلما كان يوم الخميس رابع عشر شوال حصل للسلطان افاقة، فطلب أمير المؤمنين المتوكل على الله ولا قضاة الأربعة وسائر الأمراء وأرباب الدولة، فلما تكامل المجلس عهد السلطان بالملك من بعده إلى ولده المقر الزيني فرج، ثم من بعده إلى ولده المقر العزى عبد العزيز، ثم من بعده إلى ولده المقر الصارمي ابراهيم، ثم أن السلطان كتب في ذلك المجلس وصية فأوصى فيها لزوجاته وسراريه وخدامه بمال جملته مائتا ألف دينار، وأوصى بأن تعمر له تربة بثمانين ألف دينار، ويشتري لها أوقاف بعشرين ألف دينار، وأوصى بأن يدفن في لحد لا في فسقية، وأن يكون دفنه بين الفقراء الذين هناك، وأوصى بأن يكون سائر أملاكه أوقافا على تربته، وأوصى بأن يكون المقر الأتابكي أيتمش البجاسي وصيا على أولاده، وفوض إليه أمر الولاية والعزل. ثم جعل أمير المؤمنين المتوكل على الله وصيا على أولاده من بعده، وجعل المقر السيفي تغرى بردى أمير سلاح وصيا، والأمير بيبرس الدوادار وصيا، والأمير يشبك الشعباني وصيا، وجعل المقر السيفي تنم الحسنى نائب الشام وصيا، ثم خلع على الأتابكي أيتمش خلعة، ونزل إلى بيته ومعه سائر الأمراء. واستمر السلطان ملازم الفراش … قال الأمير صندل المنجكي الخازندار إن السلطان تصدق في هذه الضعفة في مدة انقطاعه على الفقراء والعلماء بمائتين وخمسين ألف دينار.
فلما كان ليلة الجمعة خامس عشر شوال من سنة احدى وثمانمائة توفى السلطان الملك الظاهر برقوق بن أنص العثماني رحمة الله تعالى عليه، وكانت وفاته وقت السحر، فكانت مدة سلطنته بالديار المصرية والبلاد الشامية إلى أن مات على فراشه ست عشرة سنة وأربعة أشهر وسبعة وعشرين يوما، فكانت كما قيل في المعنى:
ترجو البقاء بدار لا ثبات لها … فهل سمعت بظل غير منتقل
وكانت مدة سلطنته الأولى ست سنين وثمانية أشهر إلا يوما، ومدة السلطنة الثانية إلى أن مات تسع سنين وثمانية أشهر إلا يوما، ومدة خلعه بين السلطنتين ثمانية أشهر وأياما، وكانت مدة أتابكيته بمصر أربع سنين وتسعة أشهر وعشرة أيام، فكانت مدة حكمه بالديار المصرية أتابكا وسلطانا احدى وعشرين سنة وعشرة أشهر وستة عشر يوما، وزال ملكه كأن لم يكن، فسبحان من لا يزول ملكه ولا يتغير.
ومات الملك الظاهر برقوق وله من العمر نحو ثلاث وستين سنة، وخلف من الأولاد ستة: ثلاثة ذكور وهم: سيدي فرج وسيدي عبد العزيز وسيدي ابراهيم، وثلاث بنات.