آية من القرآن الكريم يقول: القول في تأويل قوله تعالى ... ثم يبدأ تفسير الآية مستشهدا بما أثر عن الصحابة والتابعين من تفسير فيها، عارضا كل قول روي عن الصحابة أو التابعين في الآية التي ذكر فيها قولان أو أكثر.
وتفسير الطبري يتعرض أيضا لتوجيه الاقوال، ويرجح بعضها على بعض، كما يتعرض عند ما تدعو الحاجة إلى توضيح الناحية الإعرابية، كما يشرح استنباط الحكم الشرعي الذي يمكن أخذه من الآية مع سرد الأدلة وترجيح ما يختاره.
موقفه من المفسرين بالرأي فقط
لقد كان الطبري معارضا كل المفسرين الذين يعتمدون في التفسير على الاستقلال بالرأي، مشددا إلى ضرورة الرجوع الى العلم الراجح عند الصحابة أو التابعين، وما نقل عنهم بسند صحيح مستفيض، واجدا في ذلك وحده أسلوب التفسير الصحيح، مثال ذلك:
عند قوله تعالى في الآية (٦٥) من سورة البقرة وَلَقَدْ عَلِمْتُمُ الَّذِينَ اعْتَدَوْا مِنْكُمْ فِي السَّبْتِ فَقُلْنا لَهُمْ كُونُوا قِرَدَةً خاسِئِينَ.
يقول ابن جرير «حدثني المثنى، قال: حدثنا ابو حذيفة، قال: حدثنا شبل، عن ابن أبي نجيح، عن مجاهد وَلَقَدْ عَلِمْتُمُ الَّذِينَ اعْتَدَوْا مِنْكُمْ فِي السَّبْتِ فَقُلْنا لَهُمْ كُونُوا قِرَدَةً خاسِئِينَ.
قال: «مسخت قلوبهم ولم يمسخوا قردة، وإنما هو مثل ضربه الله لهم، كمثل الحمار يحمل أسفارا» ثم يعقب ابن جرير بعد ذلك على قول مجاهد فيقول