ثناء أهل العلم عليه:
قال أحمد بن حنبل: ثقة، وهو أصح حديثاً من أبيه.
وقال العجلي: كوفي ثقة وكان يسكن الثغر وكان ثبتاً في الحديث.
وقال يحيى بن معين: ثقة.
وسئل عنه علي بن المديني فقال: بخٍ بخٍ ثقة مأمون.
وقال أبو زرعة: كان حافظاً.
قال سليمان بن داود: إنه زار ابن عيينة فقال: مرحباً بالفقيه ابن الفقيه ابن الفقيه.
وقال إسحاق بن راهويه: قلت لوكيع إني أريد أن أذهب إلى عيسى بن يونس، قال: تأتي رجلاً قد قهر العلم.
وقال الوليد بن مسلم: ما أبالي مَنْ خالفني في الأوزاعي ما خلا عيسى بن يونس فإني رأيت أخذه أخذاً محكماً.
وقال عبد الله بن المبارك لرجل: أكتب نفس هذا الشيخ، يعني عيسى بن يونس.
وقال ابن عمار: عيسى بن يونس وإسرائيل بن يونس ويوسف بن يونس هؤلاء أخوة وأثبتهم عيسى.
وقال في موضع آخر: عيسى هو حجة وهو أثبت من إسرائيل.
قال ابن أبي خيثمة: سمعت أحمد بن جناب يقول عن عيسى بن يونس: غزا خمساً وأربعين غزوة، وحجّ خمساً وأربعين حجّة.