مكانته وقيمته العلمية، وساعده هذا الأخير على الاستقرار، وكان بينهما محبة وود.
عمل الشيخ مصححاً بدار الكتب المصرية، واشتغل بالفهارس، إضافة إلى الدروس والمحاضرات التي كان يلقيها في المساجد، والبحوث والمقالات التي يكتبها في الصحف والمجلات.
أسس محمد الخضر في مصر (جمعية تعاون جاليات إفريقية الشمالية) (١٣٤٣/ ١٩٢٤)، ضمت أعضاء من تونس والجزائر والمغرب وليبيا. وكانت مهمتها رفع مستوى هذه الجاليات ثقافياً واجتماعياً. كما أسس (جمعية الهداية الإسلامية) سنة (١٣٤٦/ ١٩٢٧). وكان من أعضائها الشيخ مصطفى المراغي شيخ الأزهر، والشيخ عبد الحليم النجار. وكانت تهدف إلى تمتين الصلات بين الشعوب الإسلامية، والتعريف بحقائق الإسلام، ورفع شأن اللغة العربية، عن طريق إلقاء المحاضرات، وإصدار المجلة المعروفة باسم هذه الجمعية. وقد استمرت هذه المجلة حتى الحرب العالمية الثانية.
وظهر تقدير علماء مصر للخضر حسين عندما وقع الاختيار عليه ليقوم بالتدريس في قسم التخصيص بالجامع الأزهر سنة (١٣٤٦ هـ / ١٩٢٧ م).
وعندما أسندت مشيخة الأزهر إلى الشيخ محمد الأحمدي الظواهري (ت ١٩٤٤)، اهتم بمشروع مجلة دينية، فصدرت مجلة "نور الإسلام " التي تمثل الجامع الأزهر، وتولى إدارتها عبد العزيز محمد، ورئاسة تحريرها محمد الخضر حسين. إضافة إلى الإشراف العلمي عليها. وهو الذي كتب افتتاحية العدد الأول الذي صدر في المحرم من سنة ١٣٤٩ هـ.
ثم ترأس الشيخ تحرير مجلة "لواء الاسلام"، وكان من هيئة كبار العلماء.