وعندما أنشئ مجمع فؤاد الأول في القاهرة مشة (١٣٥١/ ١٩٣٢)، كان محمد الخضر من بين الأعضاء الأوائل، الذين صدر مرسوم بتعيينهم سنة (١٣٥٢/ ١٩٣٣)، وكان له نشاطه البارز في أعمال المجمع العلمية.
طان خلال حياته في مصر يتلهف إلى زيارة دمشق، ويحنّ إليها في كل مناسبة، وهو القائل عنها:
أحنّ إلى لياليها كصبٍّ ... يحنّ إلى ليالي الرقمتينِ
ومطمح همتي في أن أراها ... تسامي في علاها الفرقدينِ
واستجابة لهذا الشوق، وتلبية لرغبة أسرته، سافر إلى دمشق في ٢٥ ربيع الثاني سنة (١٣٥٦/ ١٩٣٧)، وأقام بها شهرين، وكتب في مجلة "الهداية الإسلامي" حديثاً عن هذه الرحلة، تكلم فيه عن اجتماعه بالعلماء الشاميين، واستقبالهم له في عدد من حفلات التكريم، التي كانت تقام له (١).
وألقى بدمشق في بهو المجمع العلمي العربي محاضرة عنوانها: (أثر الرحلة في الحياة العلمية والأدبية) (٢)، ختمها بقصيدة مطلعها (٣):
زارها بعد نوى طال مداها ... فشفى قلباً مجداً في هواها
ومنها قوله:
راحَ نشوانَ ولا راح سوى ... أن رأى الشام وحيّاه شذاها
نظرة في ساحها تُذْكره ... كيف كان العيش يحلو في رباها