* مدرساً بالأزهر:
وفي عام ١٩٢٨ تولى مشيخة الأزهر الشيخ محمد مصطفى المراغي، فسعى إلى قبول الشيخ الخضر أستاذاً في كليات الأزهر، وكان الشيخ الخضر قد اجتاز امتحان شهادة العالمية بتفوق، ومنح الجنسية المصرية، وأصبح بذلك أحد شيوخ الأزهر، ومن علمائه البارزين، وكان قبل هذا التعيين مدرساً في معاهد الأزهر الثانوية. وقد تقدم الشيخ محمد الخضر حسين -فيما بعد، وعلى التحديد ١٩٥٠ - إلى هيئة كبار العلماء طالباً قبوله عضواً بينهم، وكانت العضوية لا تكون إلا بشروط، منها: شهادة العالمية، وتقديم بحث علمي ممتاز، فقدم الشيخ الخضر بحثاً مطولاً عن القياس في اللغة (١)، فقبل بالإجماع، وأصبح من كبار علماء الأزهر، ابتداء من عام (١٣٧٠ هـ / ١٩٥٠ م).
* العالم المناضل:
لم يخلد الشيخ الخضر إلى الراحة والاستمتاع بالحياة الخاصة، كما كان شأن معظم علماء الأزهر في القاهرة، والزيتونة بتونس، بل كان جم النشاط، كثير العمل في المجالات الأدبية والاجتماعية والدينية، بل وحتى السياسة.
ففي عام ١٩٢٨ أسس جمعية (الهداية الإسلامية)، وتولى رئاستها، وإدارة مجلتها، والتحرير فيها، كما تولى رئاسة تحرير كثير من المجلات الدينية التي أصدرها الأزهر، مثل مجلة "نور الإسلام"، ومجلة "لواء الإسلام".