كما كان من مؤسسي (جمعية الشبان المسلمين)، وهي جمعية تهتم بإصلاح أخلاق الشبان وتهذيبهم وتكوينهم دينياً وبدنياً وثقافياً.
* في المجمع اللغوي:
وفي ديسمبر عام ١٩٣٢ تأسس في القاهرة (مجمع اللغة العربية) بمرسوم من الملك فؤاد. ثم صدر مرسوم ثان في أكتوبر من العام الموالي بتعيين أعضاء المجمع المصريين وغير المصريين (١)، فكان الشيخ محمد الخضر حسين أحد هؤلاء الأعضاء، كما كان من بينهم العلامة التونسي حسن حسني عبد الوهاب (٢).
وكان الشيخ الخضر يوم صدور هذا المرسوم أستاذاً في قسم التخصص بكلية أصول الدين في الجامعة الأزهرية.
* حب جارف للوطن:
عقب الحرب العالمية الثانية أسس (جبهة الدفاع عن إفريقيا الشمالية)، وكان غرضه منها: التعريف بقضايا المغرب العربي، وجمع شمل أبنائه المهاجرين في مصر، وجعلهم في خدمة بلادهم، مهما كانت ظروفهم وأعمالهم، وبذلك ترى أنه لم ينس وطنه الأول قط، رغم حصوله على الجنسية المصرية، وزواجه بامرأة مصرية، وإقامته الطويلة في الشرق، وفي مصر بوجه خاص.